بحسب جدول زيارة البابا فرنسيس، فإنه من المقرر أن ينتقل إلى القصر الرئاسي، حيث سيقام حفل استقبال بحضور الرئيس العراقي برهم صالح، وكبار المسؤولين في الدولة، قبل أن يلتقي بالأساقفة ورجال الدين والمدرسين في كنيسة سيدة النجاة، وعدد من كنائس بغداد.
ومن المقرر أن يتوجه البابا للقاء المرجع الشيعي علي السيستاني في مدينة النجف، قبل أن ينتقل إلى مدينة أور التاريخية في محافظة ذي قار، حيث يقع مقام النبي إبراهيم، ويلقي خطبة هناك بحضور حشد كبير من رجال الدين لمختلف الديانات والطوائف العراقية، ثم يعود في اليوم ذاته إلى بغداد للمشاركة في قداس كاتدرائية مار يوسف وسط بغداد.
وفي اليوم الثالث من الزيارة (الأحد) سيتوجه إلى أربيل، التي تضم أعدادا كبيرة من أبناء الطائفة المسيحية النازحين من الموصل وضواحيها منذ سنوات، إذ من المقرر عقد لقاءات عدة هناك مع شرائح مختلفة، لينتقل بعدها إلى سهل نينوى، حيث يشارك مراسم الصلاة لضحايا الحرب في كنيسة "الطاهرة" ببلدة (قره قوش) الموغلة في القدم بسهل نينوى، بعد ذلك يعود إلى أربيل لكي يحتفل بالقداس في ملعب فرنسوا حريري، قبل العودة إلى بغداد، وسيتوجه مباشرة إلى مطار بغداد الدولي للمغادرة بحفل توديع يشارك به المسؤولون العراقيون وسياسيون ورجال دين.